Im Jahr 1996 übernahm der Komponist, Dirigent und ehemalige Intendant der Hamburgischen Staatsoper Peter Ruzicka die künstlerische Leitung der Biennale. Ruzicka, der jeder Festivalausgabe einen Leitgedanken voranstellte, vergab Kompositions- und Librettoaufträge an Moritz Eggert, Helmut Krausser, Toshio Hosokawa, Mauricio Sotelo, Chaya Chernowin, Durs Grünbein, Sarah Nemtsov, Enno Poppe, Mark Andre, Marcel Beyer, Klaus Lang (u. a.) und rückte auch multimediale Musiktheaterformen wie die Internetoper „Orpheus Kristall“ von Manfred Stahnke ins Blickfeld. Darüber hinaus erweiterte Ruzicka das Begleitprogramm des Festivals um zahlreiche Gesprächs- und Vermittlungsformate.
Mit Daniel Ott und Manos Tsangaris übernahm 2016 erstmals ein künstlerisches Leitungsteam die Intendanz der Biennale. Ihr programmatisches Konzept untersucht Formen zeitgenössischen Komponierens und Inszenierens zu Beginn des 21. Jahrhunderts und fragt nach möglichen gesellschaftlichen Funktionen und Bedeutungen des Musiktheaters. So entwirft das neue Leitungsteam für die einzelnen Festivalausgaben explizit thematische Suchfelder wie „Privatsache“ oder „Point of NEW Return“ und lädt die mitwirkenden Künstler:innen dazu ein, ihre Konzeptionen entlang der inhaltlichen Fragestellungen zu entwickeln. Im Rahmen der vergangenen drei Biennalen (von denen sich die 2020er-Ausgabe wegen der Corona-Pandemie über mehr als ein Jahr erstreckte) entstanden Inszenierungen, Performances und Installationen auf Bühnen, in Ausstellungsräumen, Gewächshäusern, Volksbädern, im Öffentlichen Raum der Stadt, am Starnberger See sowie in Münchner Privatwohnungen. Die an diesen Orten uraufgeführten Musiktheaterwerke entstanden häufig in Koproduktion mit anderen Opernhäusern, Theatern und Festivals des deutschsprachigen und europäischen Raums und wurden von zumeist jungen internationalen Künstler:innen wie David Fennessy, Marco Štorman, Simon Steen-Andersen, Clara Iannotta, Meriel Price, Blanka Rádóczy, Ole Hübner/The Navidsons/paranormal φeer group, Brigitta Muntendorf, Deville Cohen, Davide Carnevali, Stefan Prins, Yasutaki Inamori, Gerhild Steinbuch, Ondřej Adámek, Trond Reinholdtsen, Anja Hilling, Fabià Santcovsky, Christiane Pohle oder Mirko Borscht konzipiert. Diskursveranstaltungen, Symposien sowie der sogenannte „Salon des Wunderns und der Pflichten/Sichten“ begleiten die Produktionen.